[세정일보 '24.08.19자]
1. 사실관계

가. 원고는 부산 동래구 OO동 190 일대를 사업시행구역으로 하는 주택재개발정비사업조합으로서, 관할관청으로부터 2006. 6. 28. 사업시행계획인가를, 2007. 12. 27. 관리처분계획인가를 각 받고 주택재개발정비사업을 시행하여 2013. 12.경 준공인가를 받았다.

나. 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하면서 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물(이하 ‘이 사건 자산’이라 한다)의 취득가액을 ‘사업시행계획인가일’을 기준으로 감정평가한 46,440,094,077원으로 하여 손금에 산입하였다.

다. 원고는 2019. 4. 1. 피고에게 이 사건 자산의 취득가액을 ‘관리처분계획인가일’을 기준으로 감정평가한 57,743,357,440원으로 보아야 한다고 주장하면서 2013 사업연도 법인세의 감액경정을 청구하였다.

라. 피고는 2019. 6. 3. ‘이 사건 자산의 취득가액은 법인세 신고 시의 감정가액이 적정하고, 원고가 경정청구 시 제출한 감정가액은 객관성ㆍ합리성이 결여된 소급감정가액에 해당한다.’는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다)하였다.

마. 원고는 조세심판원에 이 사건 경정거부처분에 대한 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 5. 15. 원고가 법인세를 신고하면서 제출한 감정가액과 경정청구 시 제출한 감정가액 모두 이 사건 자산의 취득 당시의 시가로 볼 수 없다고 판단하면서, ‘이 사건 경정거부처분은 이 사건 자산의 취득가액을 관리처분계획인가일 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.’는 주문의 결정(이하 ‘이 사건 재조사 결정’이라 한다)을 하였다.

바. 부산지방국세청장은 2020. 7. 9. ‘이 사건 재조사 결정에 따른 처리결과 이 사건 자산에 관한 객관적ㆍ합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로,「상속세 및 증여세법」(이하 ‘상증세법’이라 한다)에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액보다 원고에게 불리하므로 불이익변경금지 원칙에 따라 이 사건 경정거부처분을 그대로 유지한다.’는 취지의 통지(이하 ‘이 사건 처리결과통지’라 한다)를 하였다.

(이 후 글은 링크를 참조하시기 바랍니다)

※ 본 기고문은 필자의 개인 의견으로 (사)한국조세정책학회의 공식적인 의견과는 다를 수 있습니다.