<세정일보 '22.09.05자>
1. 사실관계

가. 원고는 농업협동조합법에 의해 설립된 비영리법인이다.

나. 피고는 2013. 11. 5. 다음과 같은 처분사유 등으로 원고에게 2008 내지 2011 사업연도 각 법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였다.

1) 원고는 회원인 지역조합과 품목조합(이하 ‘회원조합’이라 한다)이 소속 조합원 등과의 공제계약에 따라 부담하는 공제책임을 인수하는 재공제사업을 영위하면서 2008 내지 2011 사업연도에 재공제사업에서 발생한 이익금 중 합계 약 970억 원(이하 ‘이 사건 재공제이익수수료’라 한다)을 재공제이익수수료 명목으로 회원조합에 배분하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이는 잉여금의 처분에 해당하므로 이 사건 재공제이익수수료는 법인세법 제19조 제1항, 제20조 제1호에 따라 손금에 산입될 수 없다(제1처분사유).

2) 원고는 2008 내지 2011 사업연도에 62명의 채무자들에게 합계 약 110억 원의 대출이자(이하 ‘이 사건 이자’라 한다)를 감면하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 이자 감면액은 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제2처분사유).

3) 원고는 한국채택국제회계기준 도입을 위한 시스템을 구축하면서 개발팀을 조직하였는데, 2008, 2010 및 2011 사업연도에 개발팀 소속 근로자들에게 인건비(이하 ‘이 사건 인건비’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 인건비는 감가상각자산인 개발비에 해당하므로 감가상각 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(제3처분사유).

4) 원고는 금융리스 방식으로 공과금수납기 1,864대를 취득하여 지역조합에 설치한 후 2009 내지 2011 사업연도에 리스회사에 합계 약 50억 원의 리스료(이하 ‘이 사건 리스료’라 한다)를 지급하고 이를 손금에 산입하였다. 그러나 이 사건 리스료는 접대비에 해당하므로 접대비 한도초과액은 손금에 산입될 수 없다(주위적 제4처분사유).

다. 피고는 원심에서 ‘원고가 특수관계에 있는 지역조합을 대신하여 이 사건 리스료를 지급한 것은 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상에 해당한다’는 처분사유를 예비적으로 추가하였다(예비적 제4처분사유).

2. 쟁점

이 사건의 쟁점은 ① 농업협동조합중앙회가 공제사업에서 발생한 이익금 중 일부를 재공제이익수수료 명목으로 회원조합에 배분한 경우 실질적인 잉여금의 처분으로서 손금불산입 대상에 해당하는지 여부, ② 법인이 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 (바)목에 정한 비용을 지출하였으나 개발비로 계상하지 아니한 경우에 구 법인세법 시행령 제31조 제1항의 즉시상각의제규정을 적용하여 감가상각 한도초과액을 손금불산입할 수 있는지 여부이다.

(이 후 글은 링크를 참조하시기 바랍니다)

※ 본 기고문은 필자의 개인 의견으로 (사)한국조세정책학회의 공식적인 의견과는 다를 수 있습니다.