<세정일보 '23.01.09자>
1. 사실관계

가. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)은 소외인과 그 자녀들이 주주인 비상장회사로 서울 중구 (주소 생략)에 있는 토지와 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유하면서 부동산임대업과 대부업 등을 하였다.

나. ○○은 2008. 8. 19. 주식회사 △△(이하 ‘△△’라 한다)에 이 사건 부동산을 390억 원에 양도하고, 그 무렵 계약금과 중도금 합계 269억 원을 지급받았다.

다. ○○은 2008. 8. 28. 그 사업 중 대부업 부문을 인적분할 방식으로 □□ 주식회사(이하 ‘□□’라 한다)를 설립하여 분할하고(이하 ‘이 사건 분할’ 이라 한다), 위 계약금과 중도금을 포함하여 합계 281억 5,500만 원의 자산을 □□에 이전하였다. 그 결과 분할 후 ○○은 장부가액 43억 7,125만 9,150원인 이 사건 부동산을 포함하여 50억 9,400만 원의 자산을 보유하는 한편 위 계약금과 중도금 관련 유동부채를 포함하여 분할 전 ○○이 보유하던 341억 7,700만 원의 부채 전부를 보유하게 되었다.

라. 한편 소외인과 그 자녀들은 2008. 8. 26. 경영컨설팅업을 하는 비상장회사인 원고의 주식을 전부 인수한 다음 분할 후 ○○을 원고에 흡수합병시키고 2008. 10. 8. 합병등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다). 원고는 이 사건 합병 당시 이 사건 부동산을 339억 447만 3,200원으로 평가하여 승계하였고, 그 결과 합병평가차익 295억 3,321만 4,050원이 발생하였다. 그런데 이 사건 분할로 분할 후 ○○의 순자산이 크게 감소함에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 순자산가액과 합병신주 액면가액 등의 차액인 합병차익은 1억 680만 737원에 불과하였다.

마. 원고는 2008. 10. 28. △△에 이 사건 부동산을 이전하고 매매잔금 121억 원을 지급받았다.

바. 이후 원고는 이 사건 부동산의 양도금액인 390억 원을 익금에 산입하는 한편 이 사건 부동산의 양도 당시 장부가액인 339억 447만 3,200원을 손금에 산입하고, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항 제3호 등에 따라 합병평가차익 중 합병차익의 범위 내에 있는 1억 680만 737원만을 익금에 산입하여 2008 사업연도 법인세를 신고․납부하였다.

사. 피고는 ○○이 이 사건 분할과 합병을 통해 손금에 산입할 이 사건 부동산의 장부가액을 높이는 등의 방법으로 이 사건 부동산의 양도에 따른 법인세를 부당하게 회피하였다고 보았다. 이에 피고는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제3항을 적용하여 위 각 거래를 실질에 따라 재구성할 수 있음을 전제로 이 사건 부동산의 장부가액을 분할 전 ○○의 장부가액인 43억 7,125만 9,150원으로 보고, 2013. 8. 1. 원고에게 2008 사업연도 법인세(가산세 포함)를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

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※ 본 기고문은 필자의 개인 의견으로 (사)한국조세정책학회의 공식적인 의견과는 다를 수 있습니다.